Аналогично. Если планируете использовать семидневный jrpass, то Токио логично разбить на два отрезка, а выезды поставить в середине, т.к. слишком много дней в Токио подряд могут утомить, да и фактор сезона дождей тоже стоит учитывать. К тому же вы едете с семьей, некоторые члены которой могут устать от перелета. Впрочем, разумное зерно в том, чтобы сразу ехать в Киото, тоже есть: 1) не придется дважды заселяться в Токио 2) переезд из аэропорта также попадет под действие проездного. Решайте сами, где плюсов больше ;)
Главное, в чем я не согласен - касательно Кобе. Далеко не весь город был разрушен землетрясением, в северной части (Китано, на склоне гор) сохранились кварталы с симпатичной европейской застройкой, также имеется Чайнатаун, портовый центр развлечений, куда съезжается молодежь чуть ли не со всего Кансая, много музеев, да и в целом город довольно яркий и симпатичный. Ну и ночной вид с горы - это классика. Ну а что до мраморной говядины, это вам решать. Небольшие порции можно и за 1000 йен найти. Замечу, однако, что в первую поездку Кобе обычно не ставят, и едва ли его можно отнести к "семейным" городам (как и Осаку).
Фудзи почти наверняка будет закрыта облаками в это время года. Забраться на нее в это время года без спецснаряжения еще нельзя. Я бы не рисковал добавлять в маршрут этот пункт. Никко по впечатлениям лучше в конце поездки, место очень яркое, но возрастает вероятность дождей. К тому же, раз вы с семьей, лучше переночевать в Никко, а не ставить однодневным выездом. Тем более что там и парки развлечений рядом неплохие.
По онсенам : а почему именно Киносаки? Далековато от основного маршрута, да и редко его добавляют.
По Киото: у вас всего 3 дня (7-й - уже переезд в Киносаки, и вот тут я бы выехал пораньше, до полудня, чтобы атмосферой онсена насладиться сполна), причем вы собираетесь предпринять выезды в Осаку, Нару, Арасияму и Кобе. Так на сам Киото ничего не останется. Как минимум один день стоит добавить, и отказаться от выезда либо в Осаку, либо в Кобе.
