Здравствуйте, Мария! Сначала были в Токио около 7 дней, затем в киото два дня, Осака 3 дня, нара полдня без ночевки и опять Токио 4 дня.
Jr pass решили не брать. В Токио передвигались на метро. Каждый день брали суточный проездной. Здесь не совсем уверен, может есть дешевле варианты. Как я посчитал, в Японии имеет смысл брать проездной, если планируется три и более поездок. Считайте сами )
Из Токио в киото ради интереса отправились ночным автобусом. За два дня пошли на Токио стэйшн, там спросите в любой справочной, вам подскажут где касса. Стоимость можно здесь посмотреть
http://willerexpress.com/ мы брали вице максимальный комфорт )) автобусы классные. Отходят минута в минуту. Поражает их пунктуальность! Главное если выйдете на промежуточных остановках в магазин не потеряйте свой автобус )) я чуть было не умудрился ))) автобус едет 8 часов.
Из киото в Осаку и так же в нару ездили электричками. Там повсюду кассы. Особенно компании japan rail. Там же можно купить на обычный поезд.
Обратно в Токио заранее купили билет на Шинкансен. Это же Япония все же. Надо было попробовать! Билет дорогой! Около 9000 рублей на двоих.
В принципе там все понятно и не трудно понять как перемещаться. Но единственной загадкой для меня так и остались перроны компании japan rail. Я так и не понял как определять с какой стороны мой поезд подойдет.
Стоимость.
Проездной метро 1500 иен на двоих.
Поезд аэропорт нарита - Токио 2650 иен. Но это смотря где выходить будете.
Токио - киото автобус 16200 на двоих.