Olav уже всё посчитал.
Из Осака в Токио планируется накануне приехать (11.11), как я поняла. Т.е. в последний день действия пасса. Так что выгода от двухнедельного пасса такая глобальная не будет. Выйдет примерно одинаково, что с пассом, что без. Поэтому, может быть, действительно стоит взять недельный. В Никко можно поехать на Tobu, как я уже писала, а в Нарита на Keisei, это может быть в 1,5-2 раза дешевле JR-а, в зависимости от вида поезда. По Токио одним JR-ом не обойдешься точно, можно взять либо проездной на оба метро за 1,000 йен в день, либо на оба метро и JR за 1,500-1,600, не помню точно. Это если нужно много ездить. А если немного, проще карту Suica взять, наверное.
UPD. Посмотрела цены на Tobu в Никко: если ехать с Асакуса лимитед экпрессом (1 ч. 40 мин.), то 2,800 в одну сторону, если просто быстрой электричкой (в районе 2 ч. 5 мин.) - 1,360 всего. А еще есть проездной
2 Day Nikko Pass, он стоит 2,670 йен и дает право на проезд Токио - Никко - Токио и Никко- Кинугава Онсэн - Никко на поезде и без ограничений на автобусах в Никко. Правда, если с ним ехать на экспрессе, нужно доплатить 1,440 йен в каждую сторону. Что в виду не сильно большой разницы в длительности поездки между быстрой электричкой и экспрессом (40-50 минут в общей сложности) совершенно необязательно, имхо.