maionez,
Вряд ли добавлю что-то новое, больше полюбопытствую, но все же:
1. В начале сроков - сакура в Тохоку. В позднюю весну, как в 2012, можно застать даже в Фукусиме. Точно не интересует?
2. Правда, жутко любопытно, что же вам удалось найти в Хаконе. Может, поделитесь ссылкой? И за какую примерно сумму. Дело в том, что я тоже планирую поехать на Золотую неделю, так вот забронировать онсен мне не удалось. Пытался в Нюто и в Окухида, с 29 апреля по 7 мая мест не было уже больше месяца назад. Не думаю, что в Хаконе с этим дела обстоят лучше. С другой стороны, если у вас не онсен, а просто гостиница, то может быть, но цены на это время все задирают безбожно. Но сами ведь написали: "отдых на источниках"... в общем, для меня эта информация была бы актуальна.
3. Из Хаконе рекомендую доехать до пяти озер, чтобы посмотреть на цветение сибазакуры
http://www.japan-guide.com/e/e6919.html4. По 3-4 мая лучше предложенного Lapine подобрать что-то вряд ли получится, уделите внимание предложенным вариантам. В первую очередь Хиросима-Миядзима, но так же рассмотрите Каназава-Сиракаваго-Такаяма.
5. Слишком размеренным ваше путешествие не считаю, особенно для первого раза. У меня в первом путешествии также было 3 дня на Осаку (правда, в один из них - выезд на Коя-сан), три на Киото (без Нары, она - в отдельный день) и 4-5 на Токио. Кроме того, ездил именно в Хиросиму-Миядзиму. А из Токио был выезд в Никко. В JRPass выгоды не было, в тот раз его не брал, на дальние расстояния передвигался ночными автобусами. Что осмотрел весь Токио или Киото за это время - не сказал бы, даже близко не так. А впрочем, вот отчет, может что и подчерпнете полезного:
Япония, июль-август 2013: 14 дней и один концерт