08.01 вторн. Пешком. Голубая мечеть, Цистерна Базилика, Ая София, если останется время Топкапы.
Успеть можно, но Топкапы по вторникам закрыт. Советую в этот день еще что-то добавить. Например, можно начать с Голубой мечети, затем в Софию, после Базилика. Думаю, к часам 2 закончите. Потом пройтись или проехаться до Баязит, зайти ненадолго в Гранд Базар (посмотреть интерьер, без покупок - там только для туристов), мечеть Баязита (в ноябре была на реставрации, внутрь зайти можно, но ведутся работы), там же университет, можно пройтись по его территории вверх и попадете к мечети Сулеймание (мне она очень нравится).
09.01 среда. Если не успели накануне, Дворец Топкапы, затем на Трамвае или туристическом автобусе с открытым верхом (опять же если погода позволит)во дворец Долмабахче. Затем улица Истикляль. Галатская башня. Прогулка на теплоходе по Босфору.
Прогулки по Босфору (я о туристических) 1,5 часа минимум и они по расписанию. Помню был вариант 11.30 и 14.00, брали слева от моста (если стоять лицом к Галате), 12 лир, с крышей на палубе.
Тут вам надо определиться: или Долмабахче, или теплоход с Галатой и Истикляль, и то, и другое после Топкапы не успеете, разве что ночную Истикляль посмотреть можно. Я бы не дергалась в Долмабахче (но в четверг он закрыт), а посмотрела Топкапы, потом прошлась до Эминеню, там можно посмотреть Новую мечеть, Египтеский рынок, прогулка по Босфору, Истикляль, Галата (последовательность выбирайте в зависимости от времени отправления теплоходиков).
Можно ли купить входные билеты в перечисленные музеи через интернет?
Купить билеты можно, но в ноябре не было абсолютно никаких неудобств купить их непосредственно в кассах музеев, очередей не было.
Откуда лучше отправиться на теплоходе на экскурсию по Босфору и на какое время?
Есть короткий тур - 1,5 часа и длинный - 5 часов. Мне короткого хватило, да и едите вы не летом. Насчет прогулки я бы вам советовала ориентироваться по погоде: когда будет хорошая, тогда и ехать.