Самое разумное на 4 дня - Боракай. Но это и есть самый популярный маршрут, чего вы вроде хотите избежать )))
Плюс этого направления ещё и в том, что до Калибо (это крупный аэропорт километрах в 70 от Боракая) можно улететь и поздним вечером. До Катиклана (ближайший аэропорт) часов до 16. Во многие другие места на Филах вечером добраться затруднительно или вообще невозможно.
Многое зависит от того, в какое время суток вы прилетаете в Манилу. Если рано утром - то вариантов может быть много, тот же Бохол (самолётом до Тагбиларана), Эль Нидо (но лететь обязательно прямым самолётом
На самолёте в Эль-Нидо из Манилы (SeaAir, ITI авиа)), Шиаргао (отличное малолюдное место, правда лететь с пересадкой в Себу но перелёты очень короткие), Бусуанга (больше для дайверов, но море и островки там великолепны), да много мест годятся для трёх-четырёхдневного заезда.
Более поздний прилёт уже серьёзно ограничивает вас. То же самое насчёт вылета. К вечернему вылету из Манилы вы легко успеете из любой точки Филиппин, другое время - и нужно уже внимательно смотреть расписание.
Авиакомпанию по Филам смотрите эту:
https://www.cebupacificair.com/Отличный лоукостер с большим количеством рейсов по всей стране.