Если летите в Токио JAL-ом или другой а/к альянса oneworld, можно заюзать спец.тариф JAL для иностранных туристов Yokoso!Japan. Те же 10,000 йен (без сборов) за сектор, возможно взять от 1 до 5 секторов. Забронировать/выкупить можно заранее.
Есть еще тариф за 13,000 от 2 до 5 секторов, как-то не оч. уловила, в чем отличие - вроде, не все города охвачиваются первым вариантом.
Раньше было 10,000, если JAL-ом в/из Японии, 13,000 - если остальным oneworld, сейчас что-то начудили...
Читайте сами, может, лучше меня поймете:
http://www.jal.co.jp/yokosojapan/ Да, и еще. У JAL-а пару-тройку лет назад был тариф, по которому можно было бесплатно долететь из Токио до 4 городов Японии, в т.ч. до Наха, если стоп-овер не более 24 часов - это как раз Ваш случай, как я понимаю. Но заявлять этот перелет надо при покупке билетов из Вашей страны в Токио, если они уже выкуплены - не получится.