Ездила на поездах по JR Pass на 21 день - очень удобно. Резервируйте места - бесплатно и удобно. Я выбирала маршрут поезда на Hyperdia, делала скриншот на планшете и показывала кассиру. Почти 99% сотрудников ЖД говорят по-английски в рамках поездной тематики.
Автобусы тоже очень удобны (деньги можно поменять в автомате около водителя), но дорогие. Попутки ловятся просто - главное иметь табличку с указанием места назначения.
Если вы не говорите по-английски, то не расстраивайтесь, японцы тоже не говорят по-английски.
Если вы на бюджете - то лучше всего питаться в супермаркетах - к обеду там большой выбор кулинарии, и другой готовой еды. Морепродукты значительно дешевле, чем в Москве. Очень вкусное мягкое мороженое! Рыбные рынки не пропускайте! Там можно поесть!
Ложитесь рано и вставайте рано - в 5-6 утра прекрасное время для посещения достопримечательностей: хорошее освещение, прохладно, мало людей.
Камерой хранения на станциях я не пользовалась - оставляла рюкзак около локеров или где-то в углу. Рюкзак остался цел.
Страна безопасная, дружелюбная, все хотят помочь.
На Хоккайдо очень рекомендую съездить в Toyako onsen on Lake Toya - Hotel Hanabi, где за 7000 йен был потрясающий шведский стол с крабами на ужин и отличный завтрак. Вид озера незабываемый и вечером фейерверк на озере.
Удачи.