Если стоит вопрос выбора между Фюссеном и Иннсбруком, например, то Иннсбрук, однозначно, полюбопытнее будет.
В самом Фюссене смотреть нечего, из замков интересен лишь Нойшванштайн. Хоешвангау вряд ли произведет на вас особое впечатление. Нойшванштайн на открытках, ктати, поярче будет, нежели чем в действительности. Это ведь замок-имитация, построен лишь в XIX веке. Но да, разок посмотреть, конечно, стоит. Только не ожидайте сказки.
Если есть возможность посмотреть И замки, И Иннсбрук и Зальцбург - то просто отлично!
На территории Баварии действует bayern ticket на региональных поездах:
http://www.bayern-fahrplan.de - можно из соображений экономии купить сразу 2 билета: 1) билет из Мюнхена до границы Баварии (bayern ticket), 2) а от пограничного городка доплатить разницу в билете до Иннсбрука или Зальцбурга, в зависимости, куда вы держите путь.