ну вообще говоря, для поиска именно хостелов больше подходят специализированные сайты, hostels.com и hostelworld.com. На обоих сайтах есть возможность искать хостелы по карте, например
http://www.hostelworld.com/hostels/Berlin/Germany/MapПри поиске поставьте галочку напротив пункта "All properties", тогда поиск будет идти не только по хостелам, но и по гестхаузам, по пенсионам, по гостиницам и так далее.
Про камеры хранения ничего точно сказать не могу, но они наверняка есть. На Главном вокзале (Хауптбанхоф) они скорее всего автоматические, на Восточном вокзале (Остбанхоф) могут быть либо автоматические, дибо ручные. Ищите по указателям, ориентируйтесь на слово Gepäck (багаж). Про стоимость тоже точно сказать не могу, думаю, около 4 евро в сутки за место, плюс-минус.