Я конечно не гуру. Но был в похожей (отчасти) ситуации. Въезжали в Германию, с французской визой.
Вас без проблем (не считая вопроса, почему вы так делаете) пустят в другую страну шенгена. А вот насчет страны въезда, у меня конечно все совпадало. Думаю, в последующем, теоретически (для следующей визы), могут посчитать нарушением режима, но нужно что-бы все данные попали в единую базу. Сильно сомневаюсь, что это случится.
У нас было другое нарушение. Въезжали с, по сути, недействительным паспортом жены (расписались за пару дней перед поездкой, а виза на предыдущую фамилию). Но на последующих шенгенах это не сказалось.
Там правда спорный вопрос с действием заграна при изменении фамилии, по причине брака.....
И вообще, если пересадка короткая, насколько я понимаю, Вам не обязательно проходить границу в стране пересадки. Обычно существуют транзитные зоны, для пассажиров без шенгена, следующих дальше.
А вообще, вот вроде об этом:
Неоплаченная бронь билета для шенгенской визы - факты