Получается будет отметка о приезде в Литву, а не Латвии, как потом доказать что ты была в Литве транзитом и все время провела в Латвии?
Кому Вы это собираетесь доказывать? Что тут незаконного чтобы скрывать? Вы можете совершенно спокойно ехать в Латвию так-как Вам удобно. Нет никакой разницы какая страна будет транзитной — Литва, Эстония или прямой въезд в Латвию. Что Вас самих в этом настораживает? Отметки какие-то... Непонятно.
Лучше потом собирайте доказательства что были в Латвии, на всякий пожарный случай, хотя это подтверждать в 99-ти случаях из ста, не понадобится. Но если Вы такие законопослушные и боязливые, то так и сделайте.
Боюсь что в следующий раз будет отказ в визе =
Будучи в Латвии собирайте и не выбрасывайте различные документальные подтверждения пребывания в этой стране. Билеты на общественный транспорт и музеи, чеки из магазинов и мест общественного питания и всё такое прочее. Вероятность что у Вас попросят предоставить доказательства что Вы были именно в Латвии ничтожно мала, но если Вы так опасаетесь, то пожалуй следует поступить именно так, как я посоветовал. Спросят про доказательства — выложите на стол груду бумажек.