Личный опыт:
Январь 2017, ночной автобус Петербург-Рига, пересечение границы Иван-Город — Нарва. В Иван-Городе насколько помню багаж оставался в автобусе. В Нарве весь багаж нужно было иметь при себе, в моём случае рюкзак. С собой коньяк 0,7л и вроде 6 пачек сигарет. Очередь проходил последним, таможню не заинтересовал, да и не заметил, если честно. Может и был сканер, не помню.
Февраль 2017, дневной дизель-поезд Минск-Вильнюс (2 вагона, ~130 человек). Паспортный и таможенный контроль со стороны Белоруссии происходит в поезде, таможенник подходил к каждому интересовавшему его чемодану/рюкзаку и спрашивал, чьё это и что там. Удовлетворялся ответом "личные вещи".
В Вильнюсе всё гораздо хуже. Паспортный контроль осуществляется в подземном переходе под путями, окошек всего 4 + может стоять отдельный пограничник с переносным сканером паспорта. Работают не вяло, но вопросов задают много, поэтому получается долго. Далее проход через таможню, есть сканер багажа. У меня был только рюкзак, девица-таможенница попросила открыть и запустила туда руку: "- мясные продукты, алкоголь?" "- алкоголь до 2 литров, сигареты 3 пачки" "- хорошо, проходите" (без сканирования).
Так что лучше конечно не нарушать, но, если повезёт, то небольшое превышение норм не критично.