По поводу "остановиться" (не знаю темпов Вашего движения, но может, и пригодится), проверено лично:
1. Отель "Гурски", на трассе Варшава-Катовице, не доезжая Пётркува Трыбунальского:
http://www.hotel-gorski.net/. Особенно впечатляет ресторан, вернее, еда в нём...
2. Отель "Зимник", в горах, тишина и покой. Недалеко от города Живец и польско-словацкого КПП Звардонь (шоссе 69 на Жилину):
http://www.zimnik.com.pl/. Ресторан тоже неплохой
Может, после Братиславы пойти на Австрию и дальше через Словению? Присоединяюсь к рекомендации посетить пещеры
Постойнска яма и/или
Шкоцанске яме.
Ну и, естественно, в Хорватии после Загреба -
Плитвицкие озёра. Снять комнаты/апартаменты там можно, например, в деревне Jezerce (3 км на юг по шоссе номер 1 в сторону Книна).