На Филиппинах проникнуться культурой и бытом местных можно везде. Для этого как бы не особо надо маяться по паромам и автобусам. Люди на разных островах живут по-разному, но в любом случае приезжему посмотреть очень интересно. Исключения - Боракай(много туристов) и Манила с Себу(крупные города, грязь, криминал, рекомендую любителям азиатского трэша).
Филы это огромный архипелаг, расстояния сильно отличаются от весьма небольшого Бали и совсем крошечных Гили. Автобусами и паромами передвигаться долго, очень некомфортно хотя дёшево и многим нравится такой стиль.
Вам трудно что-то советовать. Для начала попробуйте сами определиться с минимальным набором островов, которые вам интересны. Для этого почитайте отчёты, может круг сузиться. Карту Филиппин поизучайте. Прикиньте, как перемещаться между выбранными островами.
Сходу могу сказать что проехать вдоль Палавана (не вокруг, остров очень вытянут в длину и нормальная дорога идёт вдоль него) идея отличная. Природа там чумовая и не только в Эль Нидо. По хорошему тогда у вас на этот остров уйдет дней 10, но мне кажется это будет того стоить.
Опять же по моему мнению стоит сократить время пребывания в Себу и Маниле до минимума, а то и вообще пропустить их.
Но тут Colt правильно сказал, что насоветовать могут совершенно разного и противоположного, нужно самим решать.
Про перемещение автобусами и джипни по островам можно сказать только то, что они нормально курсируют даже между мелкими посёлками. Проблем с этим нет, это дёшево, но все детали выясняются только на месте.
По паромам у меня завалялось несколько ссылок с тех времён, когда сам готовился, что-то можно почерпнуть, вот они:
http://www.philippines-travel-guide.com ... pines.htmlhttp://www.silent-gardens.com/philippines-ferries.php (на этой страничке крутите скролл справа)
http://schedule.ph/Ну и ещё важный момент. У вас осталось мало времени. Большой масштаб поездки требует большого времени для подготовки. Сейчас вам будет очень сложно купить авиабилеты с большими скидками. Насколько помню, тамошние авиакомпании прекращают давать скидки за 2-3 месяца до даты рейса. Так что поторопитесь, а то и отложите поездку.