Если не хотите потерять 2 дня в переездах туда-обратно, то явно надо брать ночные поезда. Если мне не изменяет память, то на DB (
http://www.bahn.de/p_en/view/index.shtml) бывают недорогие варианты, но надо мониторить. Я, обычно, покупаю билеты заранее, так дешевле выходит.
Что касается маршрута, то на форуме очень много вариантов передвижения по Баварии, выбирайте. Определитесь, для начала, какие города и места Вам интересны. Плюс, стоит учитывать Ваш ритм. Я не люблю посещать за день более одного города, максимум два, особенно на общественном транспорте. Кто-то наоборот любит кучу всего посмотреть.
Одним словом, посмотрите отчеты, возможно, что-то для себя отметите.