К рекомендации посетить Канадзаву, естесственно, присоединяюсь. Только не "ниндзя", а самураев. За ниндзя нужно ехать в Iga Ueno или тематические парки на тему средневековой Японии: Eigamura (в Киото), Edo wonderland (в Исе) и др.
В Киото есть храм Jisso-in. В нём два небольших (слабых) японских сада, но главной достопримечательностью является отражение сада на лакированном полу. Фотографировать этот вид нельзя, но он реально достойный. Листва колеблется на ветру и отражение постоянно "плывёт"; это словно портал в потусторонний мир. Можно часами медитировать. Здесь есть фотографии и карта:
http://www.peach-press.com/2012/07/jiss ... floor.html Ехать далеко, поэтому лучше совместить с посещением храма Shimogamo (пустынный, фотогеничный) и хайкингом Курама-Кибуне. Если не жаль денег, в Кибуне можно заказать обед над ручьём. Но это НЕ ДЛЯ ПЕРВОЙ ПОЕЗДКИ. Для первой вам и других впечатлений хватит.
От себя рекомендую посетить остров Шикоку (limited express из Окаямы).
В городе Takamatsu (о. Шикоку) находится "четвёртый из трёх лучших садов Японии" (сад Ritsurin). Сад красивый. Лично мне запомнились две мелких-мелких речки: на дне одной покрытые мхом камни, и вода словно выглядит зелёной, на дне другой - белые ракушки (белая вода!!). Когда там был я (авг. 2013) они разрешали арендовать велосипед за 100 йен (!!) на 24 часа (!!), причём время начинало идти с момента аренды, а не с начала суток и вернуть велосипед можно было на любую станцию аренды. Также в Такамацу находится один из трёх японских "морских замков" - замок на берегу моря, ров заполнен морской водой. При желании, Такамацу можно совместить с посещением замка в Marugame, но на меня город произвёл депрессивное впечатление (экономический кризис: на торговой улице ни одного работающего магазина, многие магазины и офисы закрыты, их окна забиты досками крест-накрест и т.п.).
Интересная поездка по замкам Matsuyama и Imabara (или Ozu). В Matsuyama прекрасный замок! То что замок это комплекс укреплений, а не только главная башня, чувствуешь сразу. Замок более полный: бесконечная череда стен, ворот и поворотов. Замок оригинальный, один из 12, дошедших до наших дней. Замок в Imabara фотогеничный (гуглится). Озу - тихий спокойный город где хочется остаться и просто жить (ээээээээх......). Замок в Озу маленький. Главная башня восстановлена в 2004 г. по традиционным технологиям, одна из пристроек оригинальная. Но здесь не сам замок важен, а атмосфера японской глубинки.
К чему всё пишу: смотрите на Японию шире, чем Токио-Киото-Осака-Кобе-Хиросима.