При хороших стыковках поездом (LEX+синкансэн) от Yadanaka до Karuizawa всего 100 минут, но не забывайте, что от Каруидзава еще 110 мин. автобусом до Manza либо 80-100 мин. до Kusatsu. Плюс добраться от Shibu до станции Yudanaka - там недалеко, но автобусы ходят редко. Так что 2 часа никак не получится. Больше похоже на 3,5-4.
Цуруною бронируется только по телефону и только по-японски (по кр.мере, так было раньше). Нам бронировало турагенство. Вариант - сделать бронь через
http://www.japaneseguesthouses.com (
https://www.japaneseguesthouses.com/ryo ... noyu+Onsen). Ну, либо найти кого-то, кто владеет японским и позвонит.
http://www.tsurunoyu.com/english.html - телефон в конце страницы.
Можете попробовать позвонить по-английски - попытка не пытка. На ресепшне там по-английски говорят бегло.
К сожалению, из собственного опыта я Вам мало что могу посоветовать. Вот только Цуруною, пожалуй (или Курою как вариант, если не будет мест в Цуруною). По Вашему маршруту (если не считать Нюто) мы только в Никко жили в онсэн-рёкане, но он сильно небюджетный. Если вдруг что-то всплывет - дам знать обязательно.
У меня, кстати, вопрос насчет багажа. Всё-таки Вы едете надолго, наверное, вещей понадобится ощутимое количество. Вы это всё куда девать планируете?