Никаких. Вам проездные выгодны не будут, если речь о jr pass и подобных.
Можно взять проездной на метро в Токио на 3 дня, но не уверен, что он окупится: отель в Синдзюку у вас, там гулять и оттуда до Сибуи/Харадзюку выгоднее на JR линия Яманоте (быстро и дешево). На Одайбу на метро все равно не доехать. Так что единственный день с метро - 31 марта (по моему плану, по вашему же в этот день выезд в Кавагутико, так что проездной тем более не сработает).
До Киото и назад берите вот этот билет:
https://www.klook.com/activity/20070-shinkansen-ticket-subway-bus-pass-tokyo-kyoto/Туда - на Нозоми (самый быстрый поезд, по jr pass вы на него не сядете, ходят часто). Обратно - Хикари отправлением из Киото в 8-33, прибытием в Одавару в 10-38. Следующий поезд на 2 часа позже, не успеете как следует по Хаконе погулять.
По этому билету вы можете сидеть только на местах без резерва, если их нет - придется стоять, что во время цветения сакуры - обычное явление, но в этом году турпоток сильно ниже по причине коронавируса. На Нозоми места баз резерва только в первых трех вагонах, но туристы этим поездом почти не пользуются, так что должны сесть. На Хикари вагоны с 1 по 5 без резерва. В крайнем случае в 9:01 идет Кодама из Киото до Одавары, там очень много вагонов без резерва и им реже пользуются, т.к. это медленный поезд. Лучше просто заранее занять очередь.
Из плюсов билета - в него входит проездной на метро и автобусы в Киото (правда, всего на 1 день, так что лучше выбрать день с наибольшим числом переездов, а это зависит от расположения отеля, посчитайте сами. По моему плану это 4 апреля, но если 1 апреля сакура будет уже отцветать, то придется за ней погоняться в этот день).
Из минусов - я им не пользовался, так что в некоторых тонкостях могу ошибаться. Например, можно ли по нему выйти на обратном пути в Одаваре, а не в Токио? Как далеко может отстоять дата поездки от даты выкупа в тур. центре (по местам выкупа информация на странице есть)? Уточните это в службе поддержки, если соберётесь брать.
Если же по нему нельзя выйти в Одаваре, то можно вообще просто оплачивать проезд по факту, перед посадкой на поезд (поезда те же), просто выйдет немного дороже: 26000 йен (с резервированием мест, без него - 25000) вместо 21000 и, конечно, никакого проездного по Киото, но это все равно дешевле, чем JR Pass (30000 йен, а с учетом доставки не меньше 32 т.й.).
Другие поездки: в Нару на поезде JR 720 йен, на поезде Кинтецу 640 йен (и он быстрее, 45 минут против 50-70 у JR, к тому же конечная станция гораздо ближе к парку Нары).
Если хотите по пути заглянуть в Фусими Инари, то подойдет только Local JR, другие там не останавливаются. Если поедете Кинтецу, обратите внимание, чтобы поезд был не Limited Express, он идет всего на 10 минут быстрее, но стоит вдвое дороже (правда, комфортабельней).
В Арасияму, если отель у вокзала Киото, удобнее ехать на поезде JR, там недорого (но могут быть толпы народа). Если из центра, то есть трамвай (Ранден), так же можно по линии Ханкю (но потребуется пересадка) либо автобусом. Трамвай аутентичнее, но селиться около трамвая не очень удобно в транспортном плане, поэтому до трамвая, возможно, придется добираться на метро/автобусе/жд Ханкю.
Наконец, в Ёсино, куда я в эти даты вам ехать не советую, можно добраться по линии Кинтецу (JR Pass, даже если бы брали, здесь не действует), там где-то 2000 йен в одну сторону, на экспрессе дороже.
Из Одавары до Хаконе ходит различный транспорт. Зависит от того, сколько и куда вы будете ездить по Хаконе, но могут быть полезны следующие пассы:
https://www.japan-guide.com/e/e2358_008.html https://www.japan-guide.com/e/e2358_014.html(смотреть версию от Одавары).
От Хаконе до Кавагутико - автобусом (с пересадкой в Готембе).
Скорее всего, будет выгодно взять Хаконе пасс за 4600, по нему в первый день покататься по Хаконе и (после ночевки утром) доехать до Готембы, оттуда автобус за 1500 йен до Кавагутико (если не выходить по пути на Яманакако и Осино Хаккай, а сразу до Кавагутико ехать, иначе - дороже).
https://www.japan-guide.com/e/e6905.html?aFROM=5200_6900От Кавагутико до Токио автобус стоит окорло 2000 йен.
https://www.japan-guide.com/e/e6905.html?aFROM=2164_6900
