Я обычно всеми руками за поезда, но Вам с ребенком, наверно, на авто будет всё-таки комфортнее. Хотя предполагаю, что выйдет чуть дороже, т.к. на поездах скорее всего вышло бы сэкономить с проездными на 10 поездок.
В качестве базы (раз не очень понравился Брюссель) подошли бы Гент/Левен. В Брюгге было бы чудесно переночевать, но у него менее центральное расположение, до всего потом придется ехать.
Из мест для городского прогулочного туризма традиционно рекомендую Брюгге, Гент, Левен, Лир. Антверпен очень хорош, но уже чуть менее уютный открыточный, для меня там уже играют роль музеи. Ваше впечатление от Брюсселя в какой-то степени понимаю. По нему сложно гулять куда глаза глядят, но если знать что хотеть и где искать, то будет интересно. Если не зависать в художественных музеях или не гоняться за архитектурой ар нуво, то много времени и не понадобится. Если не видели, то можно заехать в мини-Европу, и ещё зимой должны быть красивые световые шоу на центральной площади и на некоторых церквях. Из ненапряженных, но интересных музеев, можно заглянуть в музей музыки (там в аудиогиде можно послушать самые разные инструменты). Учитывайте короткий световой день, и не самую приятную погоду для прогулок. Рождественские ярмарки, на мой взгляд, сильно уступают немецким/французским/чешским, я бы не ожидала большого восторга.
По всем упомянутым местам я писала отчет здесь
Бельгия от маленьких деревень до больших городов
