Надеюсь, автор вполне разумен, чтобы сделать свой выбор среди достопримечательностей
Автор и не спрашивал о достопримечательностях, а только просил совета по логике маршрута. Достопримечательности ему, видимо, либо известны, либо он о них позже спросит. Логика подсказывает не метаться по стране в хаотическом порядке, а двигаться поступательно, экономя время и силы, на осмотр этих самых достопримечательностей.
Для автора: В Пярну и Тарту мы ездили на общественном транспорте, возвращаясь ночевать в Таллинн, просто надо встать пораньше.
А это уже не для автора, а лично для Вас. Приезжая в Эстонию с туристическими целями, полезно не делать только Таллин базовым городом для передвижения по всей стране, это слишком утомительно. Рациональней будет использовать четыре города страны в качестве базовых, отправных пунктов: Таллин, Тарту, Пярну и Нарву. Просто побывав в одном городе и осмотрев всё интересное для Вас, окончательно переехать в следующий из приведённого выше списка, дабы не вставать рано и не возвращаться поздно. Удобнее просто проснуться в одном из этих мест и не мотаться, почём зря, сотни километров. Гостиницы в провинциальных городах даже и дешевле, в среднем.
Острова, конечно, отдельная тема, требующая индивидуального планирования.