Транзит в вашем вопросе - это что, это как, это на чем, это где ? На самолёте из Анкары в Стамбул, на машине от одной конца Турции до противоположного, транзитная зона внутри одного аэропорта для пересадки... ?
Безотносительно вопросов выше ваш звучит как: я/мы соблюдали законы в стране А, нужно ли нам соблюдать законы в стране Б если законы в стране А были полностью соблюдены ?
Мой ответ - нужно таки их соблюсти и в стране Б. Теперь касательно сути. Если предположить что вы летите самолётом и пересадка осуществляется БЕЗ выхода на таможенную территорию Турции, то деньги декларировать не нужно. Если условия пересечения Турции иные, то надо их озвучить (заодно с предполагаемой суммой наличности, ибо зависит) дабы получить ответ соответствующий ситуации.