Насчёт единой базы данных по въездам-выездам - собственно, для этого отпечатки пальцев и ввели. Раньше смена паспорта помогала "сбросить" всю историю; но теперь по отпечаткам вполне могут вычислить нарушение.
Есть ещё база по нарушителям, но если вы не были ранее занесены туда, за подобное или иное нарушение, то пограничник вас там и не обнаружит. А вот внесёт ли он вас туда - неизвестно. Если он решит пробить ваши отпечатки (что весьма вероятно, но необязательно), и если база по отпечаткам сработает (а это происходит далеко не всегда), и если он решит, что ваше нарушение серьёзно - может и внести. Тогда можете поиметь проблемы при получении следующей визы - опять же, если база тогда опять сработает нормально.
А ещё, некоторые нарушители въезжали ещё до введения контроля отпечатков - таких по отпечаткам не вычислишь.
А кроме того, у некоторых стран есть свои внутренние базы по въездам-выездам. Так что если вы выезжаете через ту же страну, через которую въезжали, то вас могут по такой базе вычислить (если таковая там имеется). Тогда проблемы с новой визой этой страны довольно вероятны; а с другой визой - как повезёт.