Если новый безвизовый период у Вас ещё не начался (т.е. с момента прошлого выезда прошло меньше 3 мес. и, таким образом, за последние 180 дней у Вас больше 90, проведённых в Турции) - то могут, конечно. Только это не из-за оверстея будет :) Но если у Вас пересадка без выхода из транзитной зоны - то Вы в Турцию как бы и не въезжаете вовсе, турецкого пограничника не проходите, т.е. тут не пустить Вас просто физически некому. А будет ли авиакомпания высчитывать сроки по штампам в паспорте - вопрос к авиакомпании, который им, наверное, есть смысл задать предварительно.
Если же 3 месяца прошло - то летите спокойно. Пограничникам всё равно, был оверстей в прошлый раз или нет, главное, чтобы на момент въезда дней хватало. А авиакомпания так и просто ни про какой оверстей никак узнать не может.