Если по моему маршруту в ТОКИО будет в основном линия JR, то может у них есть отдельные проездные по городу?...или проще взять карту Pasmo/Suica и ей расплачиваться?:))
До всех этих станций в вашем маршруте можно не только на JR добраться, но и на метро, и даже с большим удобством на мой вкус, ну кроме музея Гибли конечно. Необязательно брать проездной на 3 дня, есть на 1 и 2 дня.
Есть такой пасс на 3 дня
https://www.japan-guide.com/e/e2361_06.html
но не думаю, что он у вас окупится, если только по городу ездить, больше JR не предлагает ничего по Токио