Я так и думал :-)
В обоих вариантах предполагается, что в РФ Вы находитесь как россиянин (т.е. последний раз не въезжали туда по израильскому паспорту).
1. Имеется российский загранпаспорт. Едете в Беларусь любым транспортом. Если не своим, а общественным, то билет покупаете хоть на внутренний, хоть на загран - это не имеет никакого значения. Пограничный контроль между РФ и РБ символический - только визуальный осмотр паспорта, чтобы не ехали граждане третьих стран. В аэропорту Минска на погранконтроле предъявляете российский загранпаспорт. Если страна назначения предполагает визу для россиян, пограничник может спросить, "а собственно, как?" Тогда покажете и израильский. Билет можете купить на любой паспорт (если на израильский, то по-любому пограничнику придется его показать). Если Вы ранее никогда не светили на российском или белорусском погранконтроле второе гражданство, то с большой вероятностью белорусский пограничник отсканирует израильский паспорт и он останется в БД. Она в РФ и РБ не единая, но частично совмещенная.
2. Нет российского загранпаспорта. Про выезд из Беларуси забываете. Берете билет на самолет по российскому паспорту в Казахстан. На прилете казахским пограничникам предъявляете израильский паспорт (безвизовый въезд). И потом по нему же улетаете в нужную Вам страну.
Теоретически возможен вариант с Арменией, но там израильтянам надо получать электронную визу, могут быть заморочки с анкетой (например, потребуется указать, есть ли иное гражданство...).