В Джакарте/Сурабайе/Макассаре/любом крупном портовом городе находите офис компании Pelni, берете у них расписание и долго и тщательно изучаете.
Там куча маршрутов, круговые по часовой стрелке, против и прочих немыслимых форм и видов. Я так в Макассаре брал это расписание и прекрасно уплывал на Банду и так далее.
Берите с собой палатку, покупаете самый дешевый билет в 3 (вроде) класс и на седьмой/восьмой палубе где-нибудь в уголке ее устанавливайте. На паромах есть бесплатные туалеты с душем, еда тоже бывает включена в стоимость билета. Ни от кого прятаться не надо, если время есть, то незабываемая поездка с местным колоритом вам обеспечена. Пару фот цепляю, как это все выглядит.
У меня сохранилось это старое расписание, посмотрел - с Калимантана можно уплыть из Баликпапана, Таракана, Нунукана. С Папуа - Соронг, Маноквари, Джаяпура (указан безостановочный перегон Макассар-Соронг, кстати).
Также можно было до Соронга уплыть из Тернате, а Тернате тоже из Макассара.
Короче, вариантов миллион, было бы время.