В любом случае, на сами Кельн и Франкфурт хватит и по одному дню.
Я бы вообще оставался в Южной Германии и посетил бы (например): Нюрнберг, Нойшвайнштайн, Пассау, Аугсбург, Регенсбург, Берхтегсаден с Кенигзее и т.д. и т.п. Кстати, и Прага от Мюнхена недалеко.