Если не платить, вариантов несколько:
1. Про штраф забудут и никаких проблем в дальнейшем не будет (минимум вероятности)
2. При первом въезде в Чехию с момента, когда пройдет установленный законом срок оплаты штрафа, вас заставят его заплатить прямо на границе (наиболее вероятно)
3. То же самое, что и 2, но в любой другой стране Шенгена (маловероятно)
4. Откажут в визе в чешском консульстве в следующий раз (тоже не очень вероятно, но может быть)
Немного информации, как оплатить, есть, например, тут
Штраф за отсутствие туристической страховки. Как оплатить? и тут
Чешский штраф! Помогите перевести письмо!