Maxim1984, Выше уже отписались что Нагасаки у вас в маршруте оказался отдельно. А до него от Осаки часов 5 ехать, не ближний свет. Если бы вы ехали из Хиросимы, а потом заехали бы в Фукуоку/Беппо - и переезды были бы короче, и логичнее было бы. Так что я посоветовал бы на первый раз действительно убрать Нагасаки, крюк великоват, да и больше 2 дней на него закладывать не стоило бы. Перелетов можно избежать, гораздо удобнее передвигаться вечерними синкансенами - дорога попадает на темное время, когда многое уже не посмотреть и многое закрывается. Не теряется день. Ну или утром, когда многое еще тоже закрыто.
Вместо Нагасаки лучше все эти дни добавить к Осаке/Киото. Если жилье рядом с вокзалом Shin-Osaka, то у вас с JR пассом все весьма интересное оказывается на расстоянии 2х часов и менее. Можно на день (вечером вернуться) съездить в Хиросиму/Миядзиму, Окаяму, Химедзи, Ономичи, на Койясан съездить (туда без JR pass). Киото, Кобе, Нара/Юдзи - все рядом. Да даже в Каназаву можно, при желании. При таком подходе обязательно берете JR пасс. Советую на первый раз остановиться в Токио
максимум на неделю (примерно как у вас в плане) и в Осаке или Киото
минимум на неделю. И дальше по погоде и настроению/самочувствию выбираться днем в город или окрестности. И на само Киото запланируйте хотя бы дня 3-4. Сакуру вы если застанете, то последние дни, так что хоть с этим можно не заморачиваться. Но просто посмотрите где в Токио она зацветает раньше, чтобы перед отъездам туда заглянуть, если она в эти дни уже зацветет.
С парками только имейте ввиду, что едете в марте. Обилия красок скорее всего не будет, увы.
Хаконе реально может восприниматься как туристическая ловушка, первый раз больше 2 дней - лучше не надо. От настроя зависит, ну и не обязательно ходить только там где толпы туристов. В марте их может и не быть. Останавливаться имеет смысл в рекане со своим онсеном. Впрочем, как и в Никко.
Ночевать в Йокогаме смысла мало. Пол часа на электричке и вы снова в Токио, это достаточно ближний пригород.
Города Кобе, Окаяма, Фукуока, Нагоя - можно ли пропустить в первую поездку? - Да, можно. Фукуока будет так совсем не по пути. В остальные можно съездить на день из Осаки, если по гугл картам понимаете что там смотреть и как примерно добираться до целей в этом городе. Ну и japan-guide com в помощь для начала знакомства.
Севернее Токио - смотря что интересно. Для первого раза может не стоит, если нет четкого понимания зачем. Захочется из Токио - можно еще в Fuji-Q (или даже диснейлэнд) на день, кроме всего прочего.