Зависит от того, что Вас интересует.
Я за основу брала suggested itinerary:
http://www.-/e/e2400_tokyo_18.html. Потом корректировала по своим интересам.
Наиболее интересные места также отмечены тут:
http://www.-/e/e623a.htmlВ результате, я в маршрут включила Нару, Коясан, Миядзиму, Хаконэ, Камакуру. Никко, Осаку и Такаяму хотелось тоже посмотреть, но не получилось по времени (всего было 15 дней). Кроме того, Химедзи в тот момент ремонтировался, к декабрю мб починят.
Советую увеличить время на Киото. Мне там понравилось больше, чем в Токио. Но это индивидуально.