При таком раскладе, возможно, в Никко лучше ехать в день без пасса. Купите у Tobu проездной, поедете с Асакусы прямиком, без пересадок. World Heritage Pass
http://www.tobu.co.jp/foreign/pass/w_heritage_pass.html - это если только храмы, All Nikko Pass
http://www.tobu.co.jp/foreign/pass/all_pass.html - вплоть до Тюдзэндзи-ко, Юмото Онсэн и Кинугава Онсэн.
Без пасса за доезд из Нариты в Токио придется заплатить минимум 1,200 йен, если брать поезд-экспресс Keisei до Ueno и дальше пересесть на JR Yamanote до Синагавы. Если ехать прямо - поездом JR Нарита Экспресс или аэропортовым автобусом - будет порядка 3,000-3,200 йен.
Фусими Инари вполне стоит и можно с Нарой в один день запихнуть, особенно если в Наре планируете только центральную часть (Кофукудзи, Тодайдзи, Касуга Тайся).
Что касается поездки в Оэдо Онсэн Моногатари на Одайбе в день прилета - это как раз можно, отдохнете.
В Киото в первый день у Вас все храмы - в разных концах города. Это не есть хорошо, имхо, на переезды автобусами потратите часа полтора-два. Имейте в виду, что позже всего закрывается Киёмидзудэра.
Арасияму поддерживаю, оч. славное место, хотя обычно для первой поездки в Киото обычно что-то более традиционное выбирают. Сакура - в замке Нидзё, допустим. Но лично мне Арасияма больше понравилась. Только она довольно большая - прикиньте заранее, что будете смотреть.
Может источников горячих туда добавить еще?
Видите ли, онсэны сподручнее всего посещать в рёканах, в которых Вы на ночь останавливаетесь. Ну, либо в каких-то мега-онсэнных местах. В Вашем маршруте, окромя Оэдо Онсэн Моногатари в Токио и Yunessun-а в Хаконэ я не вижу других удобных мест. В Хаконэ (или это Одавара?) - что за отель Принц? Там нет онсэна, часом?
3. Киото. Успеем ли мы за 1 день в Киото посмотреть все, что запланировали?
В принципе, должны успеть. Хотя, как я писала выше, это всё в разных концах города.
Это и есть must see?
Как Вам сказать... И да, и нет. Кому-то Рёандзи не вставляет, например. Мне так вообще хваленый Кинкакудзи не вставил. Однозначно стоит включить Киёмидзудэру - это всем нравится. Вместо Кинкакудзи я бы сходила в Санздюсангэндо (Sanjusangendo), он недалеко от храма Киёмидзу находится.
При таком маршруте дорого ли будет добираться на такси?
В Киото на удивление недорогое такси. Точно Вам не скажу, сколько получится, но, думаю, порядка 4,000 йен в общей сложности. Берите MK Taxi с зеленым трилистником на крышном фонаре - они дешевле всего.
Может не стоит терять время на ориентирование в городе, а доверится профи?
Возможно. Первый раз мы несколько запутались, признаться.
3. Нужно ли на целый день ехать в Арасияму?
Об этом уже писала. Не знаю - на вкус и цвет, как грится. Мне Арасияма понравилась. Если интересно и времени не жалко - можете по ссылке на мой сайт в профиле сходить, там по тэгам соответствующим погулять. Мы, кажется, ездили по всем местам, которые у Вас в плане намечены.
4. По Никко никак картина не складывается.. Мы с Шинагавы приедем в Никко. Потом на автобусе до храмов. Там гуляем. Потом хотим съездить на смотровую площадку с видом на водопад и озеро. А потом спуститься к озеру и там погулять.
Это все можно сделать на автобусе? Это один маршрут? Где можно купить проездной на все эти передвижения и сколько он будет стоить на 1 день? Нашла инфу только о двухдневном. На какой остановке сесть и на какой выйти, чтобы попасть на плато? И как потом добраться до озера?
На это я Вам в ветке про транспорт уже ответила. Если купите All Nikko Pass от Tobu - он покроет все Ваши передвижения как от Токио до Никко, так и в Никко, кроме, пожалуй, канатки на Акетидайре и лифта к Кэгон-но-таки.