Поимею наглость предложить.
Токио, Киото, Осака - стандартный набор.
На Киото минимум дня три.
По всем этим городам (и вообще по Японии) есть хороший сайт
http://www.-/. Там и про достопримечательности, и про всё остальное.
Очень странно, что с отелями ещё не решили. К тому же, на этот период основную массу отелей уже забронировали - сакура всё-таки. В Токио, наверное, лучше всего приглядеться к отелям возле станции Ueno. Но и любые другие крупные станции кольцевой ветки "наземного метро" JR Yamanote Line будут подходящими.
Если ехать в Киото, то там хорошие отели уже вряд ли остались - всё разобрали. Можно посмотреть в Осаке возле станций Umeda или Namba. От Осаки до Киото 25 минут езды на поезде.