Добрый день! На мой взгляд, Фудзи все-таки лишняя у вас, и так будет что смотреть, без этого выезда))
Вот посмотрите мои отчеты по Японии и Сеулу -
10 дней в Японии (Столицы Японии): логистика для самостоятельного туриста (август-13,15). и
5 дней в Сеуле: логистика самостоятельного осмотра города (25-30 июня 2014) - возможно, они помогут вам понять, сколько времени на какой объект нужно будет потратить
Что касается того, выгодно ли покупать JR Pass, то ту вам никто не ответит, кроме вас самих - вот сайт
http://www.hyperdia.com/ , вводите свои конкретные даты, смотрите цены и считайте, будет выгодно или не будет. Только имейте в виду, когда будете прорабатывать поездку в Киото, что на некоторые синкасены он не распространяется
Возник такой вопрос: а у вас мульти-виза в Японию? я был 2 раза, все время давали только право на один въезд, то есть вот так выехать в Корею и потом обратно у меня бы не получилось.