1) нет
2) только ради архитектуры - нет. Синдзюку, Сиодоме, Одайба в Токио переплюнут Йокогаму. А вот если залив посмотреть, порт, Чайнатаун - уже другое дело.
4) нет, в Хаконе нет jr. После Одавары частная дорога. А вот до Одавары хоть из Киото, хоть из Токио.
5) за два дня вы столько не успеете. Современное искуство не только на Наосиме, но и на соседних островах, поэтому стоит добавить один день и остановиться где-нибудь в районе Такамацу, оттуда уже совершать набеги на острова. На Миядзиму лучше всего добираться из Хиросимы, и туда же уезжать, поэтому если ночуете там, то можно сильно не привязываться к Наосиме-Окаяме. Курасики вполне можно вставить, если добавите день, про который я говорил.
6) не вижу, честно говоря, существенных отличий между сингоном, ничирином, дзёдо и дзеном, наверное я не в теме. Но если в Киото, то Рёандзи, Тенрюдзи, Тофукудзи (тем более что на момидзи едете).
8) Да, с этим справится служба доставки
http://www.kuronekoyamato.co.jp/en/9) Недельный кажется выгоднее, если открывать 6-го.
3,10) В онсенах никогда не интересовался индивидуальными ротембуро, поэтому, к сожалению, помочь не могу.
11) возможно. А что для вас важно? Как насчет Химедзи, например?