Неясно, на сколько выгодно будет взять JR Pass - хотелось бы уложиться в неделю, но тогда не попадает либо Хиросима-Кагосима, либо выезд к сакуре.
При текущем раскладе и если вы поедете 17.04 за сакурой не на север, а, например, в Kawaguchiko, можете пасс активировать с 18.04, т.к. пасс все равно не покроет всю дорогу на поезде до Kawaguchiko и придется доплачивать прим.1200 иен в каждую сторону. До Kawaguchiko без пасса можно проще и дешевле на автобусе уехать - посмотрите на Willer Express, билеты от 1800 иен в одну сторону всего.
Если решите поехать за сакурой на гору Takao, то туда, например, от Shinjuku на обычных поездах всего 390 иен проезд в одну сторону стоит - несущественно.
А может вы вообще в Токио сакуру найдете - в парке Shinjuku Gyoen, например.
Так что на переезд в Кагосиму у вас пасса хватит.
Самый сомнительный момент - Накасендо. Возможно, есть места похожие - старые деревеньки, горы, природа - но лучше укладывающиеся в маршрут? В идеале еще и с онсеном, но это не обязательно.
А в чем сомневаетесь по поводу Nakasendo? Вы там с ночевкой в одной из деревень планируете, получается? Я там была 10.04 с ночевкой в Magome, можно
в этом посте посмотреть (прокрутите до 14 дня). Очень симпатично, прогулка по лесу приятная, несложная.
Если брать прямо деревни, то на ум прежде всего приходит район Shirakawa-go, но лучше он в ваш маршрут не вписывается.
Горы-природа вам будет в том же Kawaguchiko, если решите ехать. Там же и онсен можно посетить.
В Хиросиме что хотите делать? Можно утром туда из Киото переехать, погулять днем, а вечером на пароме уехать на Miyajima, переночевать (там, например, есть реканы со своими онсенами) и с утра следующего дня гулять - там будут и природа, и горы, и олени, и даже деревня.