Во-первых, будьте готовы к отвратительной влажной жаре, которая может вам сильно порезать все прогулочные планы. Минимизируйте города (типа 2-3 часа по Гинзе в это время - если только бегать от магазина к магазину, радуясь кондиционерам). И, по-моему, онсены в такую жару - так себе идея. +36 и духота на улице сменятся на воду +40 и горячее и ещё большую духоту в закрытом онсене (в ротенбуро чуть полегче будет, но не сильно).
Во-вторых, навскидку у вас что-то очень криво с 24 и 25 июля. 24 планов слишком много, вы не успеете все посмотреть (1 час на Такаяму, ха-ха). 25 вы из Геро онсена в Фудзикавагутико едете, что ли? С приездом туда вечером, ночёвкой там и переездом в Хаконе?
Насчёт времени, которое вы указали для каждой достопримечательности - оно все гарантированно поменяется, ориентируйтесь на него с большой осторожностью.
Для визы я бы советовала делать нормальный план. Японцы редко отказывают, но 2 недели летом в Осаке - это прям очень режет глаз. Насчёт жилья: я бы в Геро онсен не ночевала (т.к. лето), в Сиракава-го - возможно. Найти жилье должно быть реально.
Вы пишете, что в Геро не попасть без экскурсионной группы - это не так. Подробнее -
https://www.-/e/e5990.htmlИ вообще читайте этот сайт. Там и ж/д калькулятор есть - поймёте, нужен ли вам пасс (по-моему, нет).