Так это стандартное время во всех странах. И потом - Вы планируете ночевку в Иерусалиме, можете еще ранним утром погулять по городу и выехать в сторону Массады, осмотреть ее и как раз к 15 часам ( а то и позже ) будете в Эн- Бокеке. Там темнеет, конечно, рано, к 6-7 вечера уже темно, но на пляж еще попадете, СПА во всех отелях тоже до 20-21 часа. Еще остается утро - пляж, море, завтрак и выезд по дальнейшей программе. Или вообще без ночевки - выехать пораньше из Ие - Массада- ММ в районе заповедника Эн-Геди (там был в феврале-марте закрыт пляж на ремонт, но сейчас не знаю) или доехать до Эн-Бокек - попробовать море на 1-2 часа на общественном пляже и назад.
Я не местный житель и поэтому что такое ММ на Палестинских территориях просто не знаю.
Я бы сделала для своей поездки так - 2 ночевки Иерусалим - первый день осмотр города с гидом, второй самостоятельно, выезд в сторону ММ - Массада, отдых на ММ с ночевкой, выезд на Север ( Галилея, Назарет и пр.) - возможно 2 дня с ночевкой. Там как раз цены небольшие на отели, например, в Тверии. Переезд и поселение в Нетании и оттуда уже осмотр остальных мест - Кейсария, Акко, Хайфа. При таком варианте нет ненужных переездов туда-сюда и маршрут более логичный. Но это так все индивидуально. Я очень люблю ММ и стараюсь обязательно остановиться там для релакса, а кто-то считает, что пары часов там много.
У Вас уже почти нет времени на перекройки маршрутов, так что поступайте как Вам видится правильным и удачи!