В Иерусалиме возьмите инд.гида на пешеходную экскурсию. Я mapiton рекомендую, 3 раза с ним ходила, Борис удивительный человек и очень знающий, интересный.
Про авто - а зачем Вам авто в Эйн-Бокек? Будет просто стоять около отеля.
Иерусалим - ММ - автобус, поехать на Масаду можно такси взять, это недорого.
А может и не захочется никуда ехать, Мертвое море - супер релакс, стоит наслаждаться.
Про ужины - согласна, бронируйте сразу полупансион, не пожалеете.