Я в Иордании не была, про сложности не скажу.
Я считаю, что в Израиле столько интересных мест для поездок, что хватит на полноценное путешествие только в этой стране, и не один раз.
В сложной ситуации лучше не бывать в районах напряжения, границах, пунктрах пропуска и пр.
Тель-Авив и центр страны всегда были спокойными и более сложных ситуациях. В Иерусалиме - старый город, там где туристы и паломники - тоже.
Но это только мое личное, суб'ективное мнение.
Может Вам что-то местные жители подскажут точнее.