Не совсем понятна формулировка "в виде исключения"
Там есть пояснения, что можно считать таким исключением. В числе прочих указанно что брак с гражданином Эстонии может быть причиной подачи ходатайства в Эстонии, но всё равно решение о принятии ходатайства или отказе и направлении в зарубежное представительство остаётся за чиновником принимающим документы.
то есть могут отправить обратно в Россию и в Эстонии заявление не принять?
Теоретически могут. Во всяком случае будьте внутренне готовы и к такому развитию событий. Постарайтесь объяснить чиновнику в доходчивой форме, кратко и понятно, причины того что Вам удобнее подавать в Эстонии.
Вам в любом случае надо будет при подаче ходатайства написать заявление, где указать причины подачи ходатайства в Эстонии.
Самого заявления как такого писать не надо. Есть анкета которую нужно заполнить. https://www.politsei.ee/dotAsset/528056.pdf К анкете нужно приложить письменные объяснения в свободной форме, где укажите причины переезда в Эстонию на постоянное место жительство, личные данные супруга и с какого времени состоите в браке. Среди других обязательных к подачи документов есть следующие:
Приглашение супруга https://www.politsei.ee/dotAsset/528465.pdf
Документы подтверждающие Ваш или общий с супругом доход.
Договор медицинского страхования.
Цветная фотография 40х50мм. Впрочем если в Эстонии подавать будете, то фотографию не надо, в пунктах обслуживания есть фото-кабинки.
