Вы верно пишете, что ж/д билеты надо заранее брать на скоростные поезда (на местные можно и на месте).
Все города, которые вы собираетесь посмотреть, по-своему интересны (единственное - я бы Милан на Геную заменила или лучше даже на Гарду). И посмотрите, куда выезжать поблизости на денек, если надоест в городе сидеть.
Ну и если хотите посмотреть Баварию, это не в Мюнхен надо ехать