На Ниппори одна станция, при переходе на линию другой компании просто пикнуть картой. И это не подземка, обе линии - наземные электрички.
Можно из аэропорта поехать не скайлайнером, а access, вдвое дешевле и ненамного дольше, хотя комфорта поменьше, конечно. Часть этих поездов после Осиаге заходит в метро, но до Акасаки потребуются пересадки, вот в этом случае уже в подземке.
Для Токио принципиальной разницы между картами нет, условно суйка от jr а пасмо от прочих жд компаний. На форуме есть тема про эти карты.