в Токио перемещалась на JR поездах и метро. Очень удобно, всё понятно, если нет - всегда можно спросить в будках информации на станции или у прохожих (вам помогут, даже если сами не знают, куда и как:))) Выучила иероглифы своей станции (благо они очень простые) и уже могла сама определять стоимость поездки без посторонней помощи.
в Киото - на автобусах, спрашивала на ресепшн, когда уходила с утра, потом у полицейских, продавцов, прохожих, на остановке. И неважно, что большинство не знает английского, всё равно помогут.
Между городами, конечно, шинкансен - это "наше" всё. Лучше, чем самолет, просторнее, можно прилечь, поспать. Хотя, бывают спецухи у авиакомпаний и билет стоит столько же, сколько и шинкансен. Мне один раз было удобнее долететь, чем доехать. Так что смотрите сами.
Вот еще поддержу
Garina в том, что лимузин-бас удобнее. Мне тоже очень понравилось. Сел - и ни забот, ни хлопот. Мало того, что позаботятся о багаже, так еще и привезут прям к отелю (ну или совсем близко). Я только ими и пользовалась при перемещениях из(в) аэропортов. На двух сиденьях, как правило, сидишь один, можешь подремать, если после длительного перелета.
А вообще, тут информации море, вы не торопитесь с вопросами, почитайте еще, всё найдете.
Удачи!
Quod licet Iovi, non licet bovi.