наличии транзитной визы на 3 дня + марки на 15 дней будет ли считаться нарушением превышение этих 3х дней по визе, но меньше 15( по марке)?
не будет, проверено. при выезде они смотрят только на марку, а не на визу. Но опять же, вполне вероятно, что в следующий раз, получая визу, в вашем консульстве они станут смотреть на предидущие визы и штампы и могут спросить, почему они визу дали вам транзитную, а вы остались там на срок больше, чем указано в визе.
правда, эта система визы и марки приводит не только визитеров, но и паспортный контроль в недоумение. Каждый раз прилетая в Японию на пограничном контроле они друг у друга спрашивают, что делать)) более опытные всегда отвечают - марку клей на 15 суток.