Книжных магазинов много. Есть практически радом с каждой станцией. Но, разумеется, в небольших магазинах обычно в основном все на японском.
Считается что самый большой книжный магазин- Kinokuniya в Синдзюку. Литературе на иностранных языках отведен отдельный этаж:
https://www.kinokuniya.co.jp/contents/en/ Shinjuku Main Store 3-17-7 Shinjuku, Shinjuku-ku, Tokyo 163-8636
Еще один большой магазин Maruzen, рядом с центральным вокзалом Токио:
http://www.marunouchi.com/e/shop/detail/2015 Там тоже почти целый этаж на иностранных языках. Путеводители и пр. должно быть много. Из того что сама рассмативала- было много книг по искусству... Остальное на месте лучше смотреть. Maruzen в 1 минуте от центрального вокзала- через дорогу перейти, зайдите сами полюбопытствуйте )
На немецком языке был книжный магазин в Токио рядом с Гетте Институтом (район Aoyama). Но там в основном учебная литература... Хотя страноведческая тоже должна быть. Есть магазин книг на русском языке, называется «Наука» на Jinbochyo. Там, например, академическая «История Японии» продается в скольки-то томах. Но книги в Японии в целом дорогие, особенно всякие иностранные издания... посмотришь на цены и призадумаешься- точно ли оно тебе надо ) Библиотеки зато хорошие- даже в обычной районной библиотеке обычно есть что почитать на иностранных языках.