Да можно и из Мехико самолетом и из Толуки. Кто только не летает: Volaris (~80 евро туда-обратно) Interjet Mexicana. В Паленке еще захотели? Это ж, прямо говоря, немного не по пути. Тут ничего, кроме баса или рент-кара, посоветовать не смогу. С самолетами там туговато.
Я ехал от Тулума до Мехико 2 дня по 8-9 часов за рулем. Сколько от Мериды? Ну, думаю, за 10-12 часов можно доехать. Только это однозначно дороже самолета будет. Ибо бензо+платные дороги+аренда авто...