Сложно выбрать - и в Вюрцбурге и в Бамберге есть что посмотреть.
В Вюрцбурге - Старая крепость Мариенберг, старый мост через Майн, старый Университет, ботанический сад ну и конечно резиденция Епископов. Туда обязательно нужно зайти внутрь с экскурсией. Такое в Германии редко увидишь.
В Бамберге очень много старых церквей и монастырей. Можно ходить по ним целый день. Обязательно посетить бамбергский собор Kaiserdom, старую ратушу, расположенную на острове и собор св. Михаэля (St. Michael). Оттуда из сада открывается неплохой вид на город. Ну и конечно обязательно выпить темное копчёное пиво, которое варят только в Бамберге.
Вот немного информации о городе на русском:
http://www.bamberg.info/www_tks/images/Imageflyer/Imageflyer_russisch.pdf
Я бы поехал в Бамберг.
Но посетить нужно оба эти города обязательно.