правильно, что поменяли!
насчет машины - выгоднее, если много ездить. А если вы будете 3 дня гулять по Праге и еще 3 дня по Будапешту, то у вас авто будет просто стоять на парковке? получается, зря переплачиваете. плюс надо учитывать сложности с парковкой в Вене и Будапеште. либо искать отель с парковкой, либо платить.
и Прага, и Будапешт - пешеходные, машина там ни к чему для прогулок
если вдруг передумаете и поедете на поездах:
по поводу билетов на поезда из Вены в Прагу/Будапешт можете посмотреть здесь, сайт австрийских ЖД
http://www.oebb.at/en/можно и купить электронные билеты через этот сайт
в среднем:
Вена-Будапешт - 19 евро, 2,5 часа
Вена-Прага - 29 евро, 4 часа 40 минут