Был сегодня в Иммигрейшене и задал Ваш вопрос.
1) Если Вы в момент наступления 90-дневного срока находитесь в Таиланде, то посещать Иммигрейшн надо. Можно за 2 недели раньше или на 1 неделю позже срока. Можно просто прислать им письмо (из Таиланда), что Вы находитесь на территории Тая, но придти не можете.
2) Имея ре-ентри пермит ( сингл или малтипл) Вы можете выехать и находиться за пределами Тая хоть до момента окончания действия пенсионной визы ( но лучше так не делать, т.к. потом придется всё начинать сначала).
При следующем въезде в Таиланд Вам в паспорт пришпилят Departure Card, которую Вы заполняете в самолете. И новый отсчет 90 дней пойдет с момента Вашего последнего прибытия. То, что Вы отсутствовали какой-то срок, можно проследить по штампам въезда-выезда, но это уже иммиграционной службе не интересно, если у Вас есть действующая виза и ре-ентри пермит.